Chemoinformatics
- Cours (CM) 10h
- Cours intégrés (CI) -
- Travaux dirigés (TD) -
- Travaux pratiques (TP) 10h
- Travail étudiant (TE) -
Langue de l'enseignement : Anglais
Description du contenu de l'enseignement
Recherche de structures dans une base de données. Modélisation structure-activité. Criblage virtuel. Préparation des chimiothèques.
- Codage de structures chimiques : chaînes SMILES et InChi, empreintes moléculaires, pharmacophores, tables de connectivité, descripteurs moléculaires.
- Recherche structurale, sous-structurale et par similarité.
- Bases de données populaires : CAS (SciFinder), Reaxys, ChEMBL et PubChem.
- Construction et validation des modèles « structure-propriété ».
- Criblage virtuel. Filtres et alertes structurales. Docking d’un ligand dans une protéine.
- Préparation de chimiothèques "ciblées" et "diversifiées".
- Travaux pratiques avec les logiciels Marvin, Standardizer et InstantJChem (ChemAxon), ISIDA-QSPR et LigandScout.
Compétences à acquérir
- Rechercher des structures dans une base de données en combinant différents types de requêtes (par structure/sous-structure/similarité, entre autres).
- Obtenir et valider de modèles « structure-propriété ».
- Effectuer un criblage virtuel en utilisant les filtres ou les pharmacophores.
Contact
Faculté de chimie
1, rue Blaise Pascal - BP 2029667008 STRASBOURG CEDEX
0368851672
Formulaire de contact
Responsable
Alexandre Varnek
Intervenants
Gilles Marcou
